Las cantidades que se encuentran en los suplementos (5–20 mg) no se han asociado a ningún tipo de toxicidad. Un consumo excesivo de manganeso puede producir efectos secundarios raros, como demencia, síntomas psiquiátricos o síntomas similares a los de la enfermedad de Parkinson. Sin embargo, casi todos los informes de toxicidad por manganeso en personas sanas corresponden a personas que inhalaron manganeso de forma crónica (por ejemplo, mineros).

Estudios preliminares indican que las personas con cirrosis podrían tener problemas para excretar correctamente el manganeso; mientras no exista más información al respecto, estas personas no deberían tomar suplementos con manganeso.

Varios minerales, como el calcio y el hierro, y posiblemente el zinc, reducen la absorción del manganeso. De estas interacciones, la del hierro puede ser la más importante. En un estudio, mujeres con niveles elevados de hierro mostraron una baja absorción de manganeso. En otro informe acerca de un estudio de la interacción del manganeso y el hierro en mujeres, el aumento del consumo de “hierro no heme”, el tipo de hierro que se encuentra en la mayoría de los suplementos, redujo los niveles de manganeso. Estas interacciones sugieren que el uso de suplementos con varios minerales que contengan manganeso podría proteger de las deficiencias de manganeso que podrían producirse con el uso de suplementos de minerales solos, en especial de hierro.

El zinc y el cobre funcionan en combinación con el manganeso para activar a la superóxido dismutasa.